发酵工程在环境保护中的应用主要体现在两个方面：

1. 生物处理废水

发酵工程可以利用微生物降解污染物，从废水中去除有害物质。例如，通过生物反应器处理含有有机物、氮肥和磷肥的废水，可以降低水中有机物和氮肥的浓度，达到净化废水的作用。此外，发酵工程还可以利用微生物制备污泥颗粒，从而提高处理效果。

2. 生物转化废弃物

发酵工程可以利用微生物将废弃物转化为有用的产物。例如，通过发酵工程可以将生活垃圾转化为有机肥料，从而达到资源化利用和减少垃圾污染的目的。此外，发酵工程还可以将农林废弃物转化为生物燃料，从而减少对化石能源的依赖，降低能源消耗和减少污染排放。

因此，发酵工程在环境保护中具有广泛的应用前景和重要意义。