发酵工程在食品领域中有广泛应用，可以将原料转化为各种有益的化合物和营养物质。以下是一些主要的应用：

1. 酸奶和乳酪：通过乳酸菌对牛奶进行发酵，产生有益的乳酸菌和营养成分，如钙和蛋白质。

2. 面包和酒精：通过酵母菌对面团进行发酵，产生二氧化碳，使其膨胀，形成空气孔。同时，也可以使用酵母进行酒精发酵，将麦芽糖转化为乙醇和二氧化碳。

3. 酱油和豆腐：通过大豆中的大肠杆菌和发酵酱油菌对酱油或豆腐进行发酵，产生有益的酶和氨基酸。

4. 淀粉和糖：通过工业微生物对淀粉进行发酵，产生各种有用的产物，如乳酸、丙酮、酒精等。

这些发酵过程提高了食品的风味、营养价值和保质期，并使其更易于消化和吸收。