发酵工程的应用领域非常广泛，涉及以下方面：

1. 食品工业：发酵工艺在食品加工过程中广泛应用，如面包、酸奶、啤酒、红酒、酱油、豆腐、醋等。

2. 医药工业：利用发酵工艺生产大量的抗生素、药品等，如青霉素、链霉素、万古霉素、洛伐他汀等。

3. 生物制药工业：发酵技术是生物制药工业的重要生产技术之一，可生产蛋白质药物、疫苗、基因工程产品等等。

4. 化工工业：发酵工艺在化工领域的应用主要是生产有机酸、氨基酸等，如乳酸、醋酸、谷氨酸、赖氨酸、精氨酸等。

5. 环保工程：发酵技术可用于处理一些生活废物和工业废水，如微生物降解重金属、有机废物等。

6. 能源工业：发酵技术在生物燃料领域的应用主要是利用生物质发酵生产乙醇、生物柴油等。

7. 纤维素工业：微生物发酵可运用于遗留纤维素处理，如纤维素转化成醇、乙酸、丙酮等。