发酵过程中微生物的代谢调控包括两个方面：细胞内调控和环境调控。

1. 细胞内调控

细胞内调控是指微生物本身通过调节基因表达和代谢途径来适应不同的发酵条件。在发酵过程中，微生物需要合适的代谢路径和酶系统来生产所需的产物，同时将废物清除。微生物通过调节自身代谢途径中的基因表达来适应环境的变化。这种调控机制主要通过信号传导途径实现，包括内源性信号和外源性信号的调节。常见的内源性信号包括代谢产物、细胞周期的信号等。外源性信号则来自细胞外环境的因素，如温度、pH、气氛等。

2. 环境调控

环境调控是指通过改变发酵过程中的操作条件来促进或控制微生物的代谢，从而达到优化发酵过程的效果。 环境调控除了温度、pH和氧气含量等常见的条件调节外，还包括添加不同的营养素和添加抗生素等化学物质来调节微生物的代谢。此外，还有生物制剂的使用和微生物菌群的调节等方式，来影响微生物的代谢调控。