1. 需要长时间的发酵过程：发酵工程涉及到有机物的分解和转化过程，需要一定的时间才能达到想要的效果。长时间的发酵过程可能会导致成品质量的下降，也会增加成本。

2. 操作难度较高：发酵工程需要复杂的生物反应器和专业的工具，操作难度较高，需要高水平的技能和知识，这也会增加工作人员的培训和人工成本。

3. 大量的生物废弃物处理：发酵工程中产生的生物废弃物需要进行处理，特别是某些产物含有有害物质（如过量亚硝酸盐、酒精等），会对环境造成污染。

4. 温度、湿度、氧气等环境的影响：发酵过程中，需要控制物料的温度、湿度、氧气等环境因素，才能保证发酵的效果。这需要大量的监测和控制，也会增加成本。

5. 产量不稳定：发酵工程中，产量不稳定是常见的问题，这可能会对生产计划和销售造成影响。