发酵工程中常用的培养基包括：

1. 稻米汤培养基：适用于微生物的培养和大量生产。

2. Tryptic Soy Broth(TSB)培养基：一种常用的通用培养基，适用于多种微生物的培养和生产。

3. 麦芽提取物培养基：适用于酵母菌的培养和生产。

4. Sabouraud培养基：适用于真菌的培养和生产。

5. 蛋白胨-葡萄糖培养基：适用于细菌和酵母菌的培养和生产。

6. Mineral Salt Medium(MSM)培养基：适用于微生物的生产，特别是需要特定无机化合物供给的微生物。

7. YPD培养基：适用于酵母菌的培养和生产。

8. LB培养基：适用于细菌的培养和生产。