1、通风保存法：如果只是临时短期贮藏，可以采用常温贮藏。只要求通风良好、清洁卫生即可。但应注意的是，木瓜在夏天由于温度高，不易存放，冬天存放时间相对长一些。

2、冰箱冷藏法：如果需较长时间贮藏，则应低温贮藏。将经热水浸泡处理后的木瓜，尽快放到冰箱中贮存。在此温度下，木瓜一般可以贮存两三周的时间。