发酵饲料的氮元素来自于原料中的蛋白质、氨基酸等含氮化合物。在发酵过程中，菌类通过代谢作用将这些含氮化合物转化为可溶性氮化合物，例如氨、酰胺等，使得氮元素更容易被动物利用。此外，发酵过程中的菌类也会产生一定量的蛋白质，从而增加发酵饲料中的氮含量。