发酵工程的基础包括微生物学、化学、生物化学、生物工程学、微生物代谢等相关学科知识。这些学科为发酵工程提供了理论基础，使工程师能够控制发酵过程，以实现高效、可靠和经济的生产。此外，生物传输现象、反应工程学、统计学、计算机控制工程等工程学科也是发酵工程的重要基础。