1. 自动化程度高：现代发酵工程采用先进的自动控制技术和仪表设备，使得发酵过程能够自动化控制，大大提高了生产效率和质量。

2. 生产环境优化：现代发酵工程注重改善生产环境，控制发酵过程中的温度、湿度、氧气和二氧化碳等因素，提高菌种生长的环境适宜度，保证发酵过程的顺利进行。

3. 菌株选优：现代发酵工程注重优选菌株并对其进行改良，提高生物反应器的生产能力和产物质量。

4. 能源利用率高：现代发酵工程采用节能技术和能源回收利用技术，减少能源消耗，提高生产效益。

5. 网络化管理：现代发酵工程采用计算机网络技术，建立完善的信息管理系统，能够实现远程监控和数据采集，提高生产过程的可追溯性和质量保障能力。

6. 环境保护：现代发酵工程重视环境保护，采用生态友好的生产方式，减少废弃物和有害物质的排放，确保生产过程对环境的最小影响。