发酵床养猪常用的菌种有乳酸菌、酵母菌、放线菌等。这些菌种能够促进发酵床内有机物的分解和转化，提高发酵床的营养价值和稳定性，进而改善猪舍环境，促进猪的生长发育。不同的发酵床材料和使用目的，可选用不同的菌种组合。