合同期内主动辞职不会扣工资。不论劳动者在什么时候辞职，单位都不得克扣劳动者的工资。劳动者有随时辞职的自由，单位不能因为劳动者提前辞职而扣工资。
如果单位克扣工资的，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，也可以直接申请劳动仲裁，要求单位足额支付工资。
当然如果单位给劳动者提供了培训，并与劳动者约定了服务期的，劳动者在服务期未满之前辞职的，单位可以要求劳动者支付违约金。
【法律依据】
《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。