如果该公司的规章制度中，有迟到罚款这样的规定，且该公司的规章制度是经过民主程序制度，即制定颁布程序是合法的，则迟到一分钟扣钱是不违法的。
【法律依据】《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。