《金陵十三钗》的结局是非常悲惨的。在剧情发展到最后阶段，慈禧太后掌握了所有权利，将皇权掌握在手中，而几位主角——秀珍、芳枝、婉贞等人都因为牵涉到政治事件而被赶出宫廷，彼此分离。

其中婉贞因为与徐锦之相恋而惨遭处死，秀珍在离开南京之后嫁人成家，芳枝则回到故乡，开始了与小翠的新生活。整个剧情虽然不尽如人意，但也呈现了人性善恶之间的较量与紧张气氛。