发酵饲料常用的菌种有乳酸菌、酵母菌、酸化乳杆菌等。其中，乳酸菌和酵母菌是最常用的菌种，因为它们可以分解谷物中的淀粉和蛋白质，提高饲料的营养价值。酸化乳杆菌则可以产生有利于动物消化的酸类物质，也有助于提高饲料的品质。不同的饲料和不同的动物需要使用的菌种也有所不同。