甲藻在没有泛滥之前就需要做好预防，下午3点左右先使用沸石粉，这样能吸附水质中的有机质与无机盐，能创造出不适合生长的环境，分2-3次进行排水。出现甲藻之后，先排出水30-40公分左右，接着开始进行杀藻，到了晚上的时候需大量换水，不能在上午换水，根据情况连续2-3天。