牡蛎对食物仅有物理性的选择能力，即只能选择食物颗粒的大小，而对食物的化学性，除了一些特别有害的刺激物质之外，一般没有选择能力。因此，牡蛎胃含物中的食物种类和数量组成，在很大程度上取决于周围环境海水中的食料变化。此外，牡蛎在幼虫期和成体时由于消化器官的发育程度不同，其食料种类和食料颗粒大小也有明显差别。

牡蛎从受精卵发育至面盘幼虫这一阶段，胚体不从外界摄取营养，其能量靠体内的卵黄物质供给。面盘幼虫以后开始从外界摄取营养，但由于幼虫阶段滤食器官发育不够完善，因此，只能摄食一些较小的颗粒。人工培育牡蛎幼虫的情况表明，金藻、小球藻、三角褐指藻、扁藻等单细胞藻类，都是牡蛎幼虫的良好饵料。在人工培育牡蛎幼虫时，将几种单细胞藻混合投喂，对促进幼虫的生长发育，效果更好。

牡蛎成体的食料，主要是硅藻类及有机碎屑。其中，尤以直链藻、圆筛藻、海链藻和舟形藻为多。如前所述，牡蛎除对食物颗粒的大小有选择外，对食物是否具有食用价值是没有选择能力的。有时，在牡蛎的胃和消化道中可以发现 -些不能消化的颗粒物质，就说明了这一点。

此外，牡蛎食料的种类因海区不同而变化。在有些海区，自然存在的有机碎屑的数量常多于浮游生物的量，而成为当地牡蛎的主要食料。但是，在自然分布浮游硅藻量多的海区，牡蛎所摄食的饵料种类就必然是以硅藻为主。