1、生物操纵：所谓生物操纵,即向养殖池塘投放适当密度的食藻性鱼类鲢(白鲢)、鳙(花鲢)鱼和罗非鱼,通过藻类吸收水体中的氮磷、鱼类摄食吸收藻类的食物链关系,捕捞成鱼带出氮磷,从而达到遏制水华、减轻池塘水体富营养化的目的。

2、微生物处理：保持养殖水体丰富的溶解氧，一方面会抑制蓝藻的生长, 另一方面有利于耗氧微生物的生长而有利于藻毒素的降解。

3、固定微囊藻：减缓微囊藻细胞分解速度，减少养殖水体微囊藻毒素骤升几率，让水体恢复有益藻占优，在养殖过程中，可以采取化学方法把微囊藻固定后慢慢分解，让微囊藻占优的水体慢慢调整为正常藻相的水体。