法院认定变更合同关系如下：

(一)合同变更的条件

1、原合同关系有效成立。

合同的变更必须以有效成立的合同为对象，凡未成立或无效的合同，不存在变更的问题。因为，合同的变更发生改变原合同关系之效力，无原合同关系便无变更的对象。合同无效，自始即无合同关系;合同被撤销，合同自始失去法律约束力，亦无合同关系;追认权人拒绝追认效力未定的合同，仍无合同关系。在这些情况下，自无变更合同的余地。

2、合同要素发生变化。

有效成立的合同要成立合同变更，必须有合同要素的变化。在广义合同变更中，不仅指合同主体发生变更，也包括合同内容发生变化。在狭义的合同变更中，则不包括合同主体的变更，仅指合同内容的变更。因此，合同要素发生变化是合同的变更不可或缺的条件。就合同内容变化来说，主要包括下列内容的变化：

① 合同标的物变更，包括标的物种类、数量、品质、规格等发生变化;

②合同履行条件变更，包括履行期限、履行地点、履行方式以及结算方式的改变等;

③合同价金变更，即合同价款或者酬金的增减，以及利息的变化等;

④合同性质变更，例如租赁合同买卖合同，选择之债变为简单之债，原合同债务转变为损害赔偿债务等;

⑤合同所附条件或者期限变更，例如所附条件除去或者增加，所附期限的延长或者提前等;

⑥合同担保的变更，例如基于当事人的意思表示或者法律的规定，使合同担保消灭或者新设等

⑦其他内容的变更，例如违约金的变更，选择裁判机构协议的变更，等等。

当然，当事人对合同变更内容的约定必须明确。根据我国《合同法》规定，约定不明确的，推定为未变更。而且变更后的合同内容不得具有违法性，不得规避法律的规定或者损害国家、集体和第三人的利益，不得有违公序良俗，否则，不发生合同变更的效果。

3、合同的变更必须有合法依据。

在合同法学上，合同变更的合法依据主要包括：当事人协议。当事人协商一致变更合同是合同自由原则的体现，因此，当事人的合意是引起合同关系变更的重要法律事实。前文已经指出，合同通过当事人协商变更是合同变更的一种类型，我国《合同法》第77条第1款规定：“当事人协商一致，可以变更合同”。法律直接规定。基于法律的直接规定而变更合同，法律效果可直接发生，不以法院或者仲裁机构的裁判或当事人协议为必经程序。裁判机关裁判。合同也可以由法院判决或者仲裁机关裁决的程序发生变更。在我国法上，一是意思表示不真实的合同，二是适用情势变更原则，无论是解除合同还是变更合同，均须法院或者仲裁机构的裁判。依形成权人的意思表示。合同的变更在于形成权人单方意思表示的，例如选择权人行使选择权，使合同变更。

4、符合法律要求的方式。

对合同的变更法律要求采取一定方式的，须遵守此种要求。基于情势变更原则变更合同，变更意思表示不真实的合同，须经法院或者仲裁裁判的方式。当事人协议变更合同，有时需要采用书面形式，有时则无此要求。《合同法》第77条第2款规定，法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依其规定。

(二)合同变更的效力

合同一经过变更，即产生以下法律效力：

1、合同变更部分取代被变更部分，原合同未变更部分仍然继续有效。换句话说，合同变更仅对已经变更的部分发生效力，未变更部分的权利义务继续发生效力。这是因为，合同的变更，主要是在保持原合同关系的基础上，使合同内容发生变化，合同变更的实质是以变更后的合同代替了原合同。因此，在合同发生变更以后，当事人应当按照变更后的合同内容做出履行，任何一方违反变更后的合同内容都将构成违约。

2、合同变更原则上仅向将来发生效力，对已经履行的部分没有溯及力，已经履行的债务不因合同的变更失去其法律依据。因此，除当事人另有约定外，任何一方不得因合同的变更而要求对方返还已为的给付。

3、合同的变更并不影响当事人要求赔偿的权利。《民法通则》第115条规定：“合同的变更或者解除，不影响当事人要求赔偿损失的权利”。

这就是对法院怎样认定变更合同关系的全部解答内容了，合同变更的成立需要一定的要件的，同时法院对其变更后产生效力的认定也要根据当事人的履行情况来决定。对于合同的变更，情况比较复杂，小编建议您可以多多咨询律师，网站的在线律师也会提供给您更多专业性的意见。