股权确认纠纷的情形是有的；

(一)根据诉讼意图进行的分类

1、善意之诉

这种情况是指原告按照取得股权的意思表示主张股权，而被告则列出种种理由反对。对于此类诉讼，应当保护善意第三人的原则。

2、恶意之诉

是指原告通过诉讼要求法院确认自己或其他人的股东身份，以获取非法利益或者逃避债务。

(二)根据法律关系进行分类

1、内部关系的股权确认之诉

内部关系包括：挂名股东与实际股东之间;隐名股东与其他股东之间;在内部关系中确认股权，应当坚持民法上的真实意思主义，探究当事人之间的真实意思，并依据该意思对股权进行判断。

2、外部关系的股权确认之诉

外部关系包括：第一，因公司的债务引起的公司债权人与股东之间的关系。第二，因增资扩股引起的新股东与公司之间的关系。相对于公司与旧股东或者与发起人之间的内部关系，新股东是第三人。在外部法律关系中确认股权，应当坚持商法的表示主义，根据工商登记等对外材料确认股权。

(三)根据原告的类型进行分类

1、股东提出的确认之诉

股东提出确权之诉时，适格的被告应当是公司。理由：第一，股权使股东和公司之间法律关系的一个内容，股权指向的义务主体使公司。原告之所以提出诉讼要求确权，就是因为在主张股权使得不到公司的认可。第二，公司不认可原告股权的意思比较复杂。由于公司使法律拟制的人，公司的所有意思都是通过特定主体来完成的，这些特定主体可以使公司的法定代表人，可以使股东会决议，可以使控股股东，可以使董事经理等公司高管。公司不承认原告股权的意思可以来自于以上任何一个主体，但不论是哪一种情况，最终都是以公司的名义表示出来的。

由于公司是法律拟制的人，公司的意思听命于其他主体，与股东相对的真正的矛盾另一方是大股东，法定代表人，此时可以根据需要追加他们为第三人，使判决的效力直接对其产生约束力。

在实践中，导致原告提出股权确认之诉的原因有下面几个：

第一，原告是隐名股东，其在主张和行使股权时遭到拒绝。

第二，原告时挂名，冒名活借名股东，公司产生巨大利润时，要求享受公司利润而遭到公司拒绝。

第三，投资与集资的争议。有些情况下投资与集资在表面上区分不开，公司认为是集资和借款，而股东认为是投资，双方发生矛盾，形成诉讼。实践中，许多公司或企业因资金困难，于是便私下招人集资入股，但这些所谓股东的名称却没有进入工商登记档案。当公司或企业效益好转时，企业不想让这些集资的人或出资人参与分红，而这些自认为股东的出资人便要求其股东身份。在此种情况下，二者之间按借贷法律关系处理。当然也有的公司实际上是增资扩股，但故意不完善相关手续，在公司产生巨大利润时，公司借故不向投资人分配利润。

第四，原告没有出资，出资不实，他人垫资等情况导致公司不承认其股东身份

第五，法律手续不健全，操作不规范，导致公司不认帐。

第六，投资与集资的争议。有些情况下投资与集资在表面上区分不开，公司认为是集资和借款，而股东认为是投资，双方发生矛盾，形成诉讼。实践中，许多公司或企业因资金困难，于是便私下招人集资入股，但这些所谓股东的名称却没有进入工商登记档案。当公司或企业效益好转时，企业不想让这些集资的人或出资人参与分红，而这些自认为股东的出资人便要求其股东身份。在此种情况下，二者之间按借贷法律关系处理。当然也有的公司实际上是增资扩股，但故意不完善相关手续，在公司产生巨大利润时，公司借故不向投资人分配利润。

2、公司提出的确认之诉

公司对股东提出确权之诉通常都是在其他诉讼中附带的提出，作为其他诉讼的前提。

综合上面所说的，股权确认在有异议的情况之下是会存在纠纷的，对于此纠纷所存在的类型有很多种，不同的情形所存在的处理方式是不一样的，其目的性就是为了保障到自己的合法权益，所以，在此之前就一定要多收集相关的证据，这样才能走诉讼的程序。