业主的建筑物区分所有权在行使时有许多限制，这是区分所有权与传统民法上的所有权不同的地方，这些限制主要表现在以下几个方面：

1、对权利取得时的限制。建筑物区分所有权是由专有部分所有权、共有部分的权利以及因共同关系所产生的成员权利三个要素所构成，按照这一理论，专有部分的所有权、共有部分的共有权、共同管理权是互为依存的。一旦取得专有所有权，自然就取得了共有权和共同管理权。相反，一旦丧失专有部分的所有权，另两项权利也一并丧失。

2、权利消灭时的限制。业主转让建筑物内的住宅、经营性用房，其对共有部分享有的共有权和共同管理权利一并转让。这就清楚地表明，区分所有权的三项内容在消灭时是同步的。而且只要专有部分的所有权归于消灭，另两项权利也同时归于消灭。从理论层面看，三项权利的消灭是以专有所有权为基础的，专有所有权的消灭，必然导致另两项权利的消失。从操作层面上看，共有权和管理权是不能单独转让的，是必须伴随着专有权的消灭而消灭的。

3、对行使权利过程中的安全保障限制。业主对其建筑物内专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。这是因为，区分所有权中除专有权之外的另两项权利是由全体业主共同行使的，任何一个业主对专有权的处分都会影响另两项权利的完整和安全，故法律对专有权的行使作出了限制性的规定。

4、对专有部分用途改变的限制。业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。业主将住宅改变为经营性用房的，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主同意。

建筑物区分所有权在行驶的过程中不是没有限制的，存在一些方面的现实，包括业主对其建筑物内专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利，业主转让建筑物内的住宅、经营性用房，其对共有部分享有的共有权和共同管理权利一并转让等。