由于挂靠合作对外一切经营活动都是以被挂靠企业的名义进行，对内他们都是的民事主体，都有各自的利益，挂靠企业利用被挂靠企业的资质、品牌、信誉等优势，对外承揽工程，并最大程度地为自己谋取利益。挂靠企业除了上交一定的管理费用给被挂靠企业外，一切施工活动都由其自主进行，被挂靠企业难以对其实施有效监管，一旦对外担责时，依法应由被挂靠企业承担法律责任。
2、挂靠经营之财务风险
由于挂靠企业对外纳入被挂靠企业的统一核算，对内则是实行核算，自负盈亏，出于自身的利益，往往会提供不实的会计信息。如挂靠企业为了对外举债，它可能会给被挂靠企业提供比实际财务状况好得多的虚假信息，以达到被挂靠企业为其举债的目的，而财务风险则完全由被挂靠企业承担。
3、挂靠经营之税收风险
在会计核算上，挂靠企业和被挂靠企业各有自己的帐目，按各自经营业务进行会计核算，挂靠企业向被挂靠企业报送内部会计报表，由被挂靠企业合并后统一向税务机关申报纳税。由于建筑业的营业税交纳时间和工程款的实际决算时间往往会出现一定的时间差，必然给被挂靠企业的会计实务操作和纳税申报等带来困难。而挂靠企业为了达到少缴税金甚至不缴税的目的，它会尽可能地增大支出、隐瞒收入，甚至不惜伪造、毁灭会计凭证和资料。
