如果双方在两个孩子抚养权问题上存在比较大争议时，法院一般会从缓和家庭矛盾和公平的角度出发，判决一方抚养一个孩子的概率会比较大。
当然法院在对于抚养权归属的判决上，也会遵循未成年子女的最大利益的原则，如果一方出现不适合抚养子女的情况，比如说有吸毒，赌博等恶习，患有久治不愈的艾滋病，梅毒等传染性疾病，或者其他严重疾病的，或者一方曾经有家庭暴力，或者有虐待遗弃家庭成员行为的，同时一方长期不履行抚养义务等等这些情形，法院就有可能将两个孩子的抚养权都判归给一方。
【法律依据】
《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
