（1）客体不同。本罪侵害的是国家对土地特别是农用地进行保护的管理制度；而非法转让、倒卖土地使用权罪侵害的则是国家对土地使用权合法转让的管理制度。
(2)犯罪客观方面不同。非法占用农用地罪是结果犯，表现为违反土地管理法规，非法侵占农用地，数量较大，造成大量农用地毁坏的行为。非法转让、倒卖土地使用权罪则是情节犯，表现为违反土地管理法规，实施了非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的行为。