(1)覆盖范围。所有农村居民都可以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，按时足额缴纳合作医疗经费。
(2)筹资标准。新型农村合作医疗的筹资个人缴纳低，政府补贴高，原则上农民个人每年每人缴费不低于本地缴纳标准，经济发达地区可在农民自愿的基础上相应提高缴费标准。鼓励有条件的乡村集体经济组织对本地新型农村合作医疗给予适当扶持。
(3)政府补助。政府对所有参合农民给予补助，财政对东部省份也按中西部地区一定比例给予补助。
(4)统筹层次。新型农村合作医疗一般采取以县(市)为单位进行统筹。条件不具备的地方，起步阶段可采取以乡(镇)为单位进行统筹，逐步向县(市)统筹过渡。
(5)管理制度。新型农村合作医疗主要补助参合农民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法。各县(市)确定支付范围、支付标准和额度。
