注册资本印花税率是万分之五。

根据《国家税务局关于资金账簿印花税问题的通知》第一条规定，生产经营单位执行两则后，其记载资金的账簿印花税的计税依据改为实收资本与资本公积两项的合计金额。适用税率为万分之五。