批捕两年还没有公诉是否合法应当由具体情况而定，如果案件的调查取证比较特殊，对犯罪事实不能认定，司法机关可以申请延长审理时间。涉嫌刑事犯罪，两年没有判决仍然有可能在刑事诉讼期限内，但属于特殊案件。如果当事人或代理人认为司法机关有违法羁押行为的，有权向该机关申诉或者控告。犯罪嫌疑人的羁押期限具体包括公安机关刑事拘留及批准逮捕期限和侦查期限、检察机关提起公诉期限及人民法院审理判决期限等。