1、笔头：水彩笔笔头通常是圆的，而马克笔笔头是扁的。

2、笔性：马克笔分水性和油性2种，而水彩笔只有水性1种。

3、叠色：马克笔能叠色，而水彩笔不能叠色，且马克笔比水彩笔更容易上色。

彩笔一般指有色彩的可写或者可涂的笔状类，如彩色水笔，彩色铅笔，彩色圆珠笔，彩色粉笔，油画棒，油画笔，水粉笔，蜡笔等等。彩笔的颜色主要是由赤橙黄绿青蓝紫的这七色组成，而每种颜色又有深浅之分。彩笔对于生活中有很重要的用途，如教学用粉笔，儿童绘画，或者简易插画等等。

马克笔的颜料具有易挥发性，用于一次性的快速绘图。常使用于设计物品、广告标语、海报绘制或其他美术创作等场合。可画出变化不大的、较粗的线条。箱头笔为马克笔的一种。

马克笔还有分为水性和油性的墨水，水性的墨水就类似彩色笔，是不含油精成份的内容物，油性的墨水因为含有油精成份，故味道比较刺激，而且较容易挥发。如果玩具掉漆可以用马克笔补色。