1、性质不同：蒸馏水是经过蒸馏、冷凝的水。矿泉水是地下深处自然涌出的或者是经人工揭露的、没有受过污染的地下矿水。

2、物质不同：蒸馏水在制作的过程中要大量耗费热能，并且在蒸发的过程中容易产生对健康有害的酚类、苯化合物、汞等。矿泉水是地下矿物水含有地层的矿物质，所含人体必需的微量元素和矿物质也最接近人体所需要的。

3、用处不同：蒸馏水常用于伤口的冲洗、化学实验、延长机器的使用寿命等；矿泉水是饮用水。蒸馏水不适合日常饮用，纯净度达到99.9% ，里面缺少了人体所需的微量元素。日常饮用应选择矿泉水，可以补充人体所需要的微量元素和矿物质。