对历史形成的超标占用宅基地应当如何进行确权登记的问题，根据原国土资源部、原农业部《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》国土自发2011第178号的规定，按照不同的历史阶段，对超面积的宅基地进行确权登记发证提出了以下几个要求：

对于1982年《村镇建房用地管理条例》实施以前，农村村民建房占用宅基地，在《村镇建房用地条例》实施以后，至今并未扩大用地面积的，可以按照现有的实际使用面积进行确权登记。

在1982年《村镇建房用地管理条例》实施起，至1987年的《土地管理法》实施时为止，农村村民建房占用的宅基地超过当地规定的面积标准的，超过部分，按当时国家和地方有关标准进行处理后，可以按照实际的使用面积进行，确认登记。

在1987年《土地管理法》实施以后，农村村民建房占用的宅基地超过当地的标准面积，按照实际批准面积进行确认登记，其面积超过各地规定的标准面积时，可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积。在以后分户建房或现有房屋拆迁改建、翻建，依法实施规划重新建设时，按有关规定作出处理并按照各地的标准面积进行重新的确权登记。

村集体在什么情况下可以收回农民的宅基地，一般有以下几个情形之一的，村集体报经批准用地的主管部门批准，就可以收回宅基地的使用权。

1）乡村镇公共服务设施或公共事业建设需要使用土地的，集体收回宅基地使用权，并对宅基地使用权人进行适当的补偿。2）不按照批准的用途使用宅基地的。3）因撤销迁移等原因停止使用宅基地的。4）空闲或房屋坍塌、拆除两年以上未恢复使用宅基地，不再确定土地的使用权。已经确定土地使用权的，由集体报经县级以上主管部门批准，注销其土地登记，集体土地收回宅基地使用权。

5）非农业户口居民在原农村的宅基地房屋产权没有变化的，可依法确定其集体建设用地使用权，房屋拆除后没有批准重建的，集体收回宅基地使用权。6）待确定农村居民宅基地使用权时，其面积超过当地规定标准的，可在土地登记权证内注明超过标准的面积的数量，以后分户建房或现有房屋拆除改建、翻建或依法实施规划，重新规划时，按当地固定的面积和标准重新确定使用权，其超过部分由集体收回使用权期限。7）地方规定的其他情形的。

本文法律知识并不代表其法律建议，如遇同类问题应当具体分析。