事实婚姻办理离婚有两种方式：

第一，协议离婚，协议离婚需要夫妻双方亲自去民政局办理，但是因为双方没有结婚证，并且在民政局没有结婚登记的档案，所以需要夫妻双方先补办结婚登记后在重新办理离婚手续;

第二，诉讼离婚，诉讼离婚需要原告身份证，户口本，起诉状去法院起诉离婚，因为没有办理结婚证，所以原告起诉时需要提交双方属于事实婚姻的证据。