法院应当按照下列程序来处理行政诉讼案件：先决定是否立案受理；如果决定立案的，然后开庭进行审理；再由各当事人进行辩论和质证；最后由法院公开宣告判决。如果法院决定不受理的，则作出不予受理的裁定。
【法律依据】
《行政诉讼法》第五十一条，人民法院在接到起诉状时对符合本法规定的起诉条件的，应当登记立案。
《行政诉讼法》第六十八条，人民法院审理行政案件，由审判员组成合议庭，或者由审判员、陪审员组成合议庭。合议庭的成员，应当是三人以上的单数。
《行政诉讼法》第八十条，人民法院对公开审理和不公开审理的案件，一律公开宣告判决。
当庭宣判的，应当在十日内发送判决书；定期宣判的，宣判后立即发给判决书。
《行政诉讼法》第八十一条，人民法院应当在立案之日起六个月内作出第一审判决。有特殊情况需要延长的，由高级人民法院批准，高级人民法院审理第一审案件需要延长的，由最高人民法院批准。