刑事案件立案后两年证据不足的处理办法是：一般不会判刑，检察院会退回公安机关进行补充侦查，对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。