1000万注册资本分开缴纳是可以的。除一人有限责任公司依法实行法定实缴资本制度，以及采取募集设立方式设立的股份有限公司实行实收股本制度外，其他公司均可实行分期缴付的认缴资本制度。
【法律依据】
《公司法》第八十条，股份有限公司采取发起设立方式设立的，注册资本为在公司登记机关登记的全体发起人认购的股本总额。在发起人认购的股份缴足前，不得向他人募集股份。股份有限公司采取募集方式设立的，注册资本为在公司登记机关登记的实收股本总额。法律、行政法规以及国务院决定对股份有限公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定。